昭和56年(1981年)8月に福島県立医科大学より高橋 潔先生がみえられ、2代教授として着任されました。
平成11年(1999年)3月末に本荘中地区から本荘北地区に移転しました。
平成12年(2000年)8月に、当時の助教授であった竹屋 元裕先生が3代教授として着任されました。
平成15年(2003年)4月に、熊本大学大学院医学研究科と薬学研究科の統合が行われ、「熊本大学大学院医学薬学研究部」が設置されました。それに伴い当講座は、「熊本大学医学部病理学第二講座」から「熊本大学大学院医学薬学研究部 総合医薬科学部門 生体機能病態学講座 細胞病理学分野」へと名称変更を致しました。5月15日に細胞病理学分野のホームページを開設しました。
平成22年(2010年)1月には、これまでの医学・薬学融合の「大学院医学薬学研究部」から、医学・薬学・保健学3分野融合の「大学院生命科学研究部」へ改組されました。
平成28年(2016年)4月に、講座名が「生体機能病態学講座」から「代謝・循環医学講座」に変更となり、正式名称が「熊本大学大学院生命科学研究部 総合医薬科学部門 代謝・循環医学講座 細胞病理学分野」となりました。
平成30年(2018年)3月の竹屋 元裕先生(3代教授)の定年退職に伴い、同年4月から菰原准教授が研究室を統括しています。
平成31年(2019年)4月に、「代謝・循環医学講座」が「代謝・循環医学分野」、「細胞病理学分野」が「細胞病理学講座」に変更となり、正式名称が「熊本大学大学院生命科学研究部 総合医薬科学部門 代謝・循環医学分野 細胞病理学講座」となりました。
令和3年(2021年)3月に、菰原 義弘先生が4代教授に就任されました。